Główna baza wyspy.
Jeżeli siedziba zostanie zniszczona, atakujący wygra bitwę,utracisz kilka Victory Points i zasoby, które nie są chronione przez Vault.
Im wyższy poziom twojej bazy, tym więcej budynków będziesz mógł odblokować oraz ich ulepszenia. Zanim zechcesz ulepszyć HQ, będziesz musiał osiągnąć wymagany poziom.
Gdy wróg niszczy inne budynki, to HeadQuarters traci ilość punktów życia.
Na poziomie 13, Komenda zyskuje przycisk, który pozwala zapisać układy bazowe (rozpieszczenie budynków i wieżyczek).
Na poziomie 13 HQ, można zaoszczędzić nawet do 2 układów. Innym gniazdo jest odblokowany na poziomie 14, 16, 18 i 20. Oznacza to, że gracze mogą zapisać max 6 układów.